Прототипом модифицированного истребителя стал самолет МиГ-29 406, переоборудованный из серийного МиГ-29 0406, совершившего к моменту доработки 43 полета. 18 апреля 1984 г. самолет 406 был перебазирован на аэродром, а первый вылет его состоялся 4 мая 1984 г. В ходе летных испытаний оценивалось изменение характеристик устойчивости и управляемости самолета с увеличенным гротом, блоками выброса помех на крыле перед килями и без под-фюзеляжных гребней. С 1985 г. машина принимала участие в отработке комплекса радиоэлектронного противодействия МиГ-29 типа 9-13, а позднее — и последующих модификаций истребителя. Большая часть испытаний проводилась в ГК НИИ ВВС в Ах-тубинске. К 13 апреля 1993 г. МиГ-29 406 совершил 424 полета.
В серийное производство на МАПО им. П.В.Дементьева МиГ-29 типа 9-13 был запущен в 1986 г. и вскоре сменил в стапелях МиГ-29 типа 9-12, выпускавшиеся для ВВС Советского Союза (такие машины стали строиться только на экспорт). Эталоном для серийных самолетов типа 9-13 стал МиГ-29 1616 (бортовой 26). В конце 1986 г. после выполнения 98 полетов эта машина поступила на ММЗ им. А.И.Микояна для доработок и оснащения КЗА. Облет усовершенствованного самолета состоялся 5 января 1987 г., после чего на нем проводились испытания по определению характеристик устойчивости и управляемости истребителя с подвесными топливными баками и модернизированной системой управления. В феврале 1991 г. МиГ-29 1616 прошел доработку под двигатель РД-ЗЗК. 4 декабря 1992 г. на нем был выполнен 488-й полет, а затем он использовался для наземной отработки нового двигателя. Сейчас эта машина находится в экспозиции Центрального музея Великой Отечественной войны (Мемориала Победы) на Поклонной горе в Москве.
Внутренний запас топлива на МиГ-29 типа 9-13 увеличился до 4540 л, в случае подвески трех ПТБ (одного подфюзеляжного и двух подкрыльевых) полный запас горючего превысил 8300 л, при этом максимальная дальность полета достигла 2900 км.
Помимо перечисленных доработок на МиГ-29 типа 9-13 несколько расширили номенклатуру и увеличили максимальную массу подвешиваемого неуправляемого вооружения. Стало возможным применять контейнеры малых грузов типа КМГ-У с блоками БКФ, содержащими осколочные и противотанковые бомбы и мины калибра 0.5-2.5 кг, а число одновременно подвешиваемых на самолет авиабомб калибра 500 кг увеличилось до шести (на две внутренние подкрыльевые точки стали устанавливать многозамковые балочные держатели МБДЗ-У2Т-1, на которые можно было подвешивать по схеме тандем две ФАБ-500М54). При этом максимальная масса боевой нагрузки возросла до 3200 кг (шесть ФАБ-500 и две Р-73 или Р-60М), а максимальная взлетная масса самолета — до 18480 кг
- Размах крыла, м 11,36
- Длина, м 17,32
- Высота, м 4,73
- Площадь крыла, м2 38,06
- Масса, кг
- пустого самолета 11200
- нормальная взлетная 15600
- Масса топлива, кг
- нормальная 4540
- максимальная 6150
- Тип двигателя 2 х РД-33.
- Тяга, кН
- бесфорсажная 2 х 5040
- форсажная 2 х 8300
- Максимальная скорость, км/ч:
- на высоте 2450 (М=2,3).
- у земли 1500
- Практический потолок, м 18000
- Практическая дальность, км 2160
- Максимальная скорость разворота, град/с
- установившегося 17
- неустановившегося 23
- Длина разбега, м 450
- Длина разбега/пробега, м 700/450
- Макс. эксплуатационная перегрузка 9… -3.
Вооружение: 30-мм пушка ГШ-301 (боекомплект 150 патронов). 6 х УР «воздух-воздух» Р-73, Р-27З или Р-60М или боевая нагрузка до 2000 кг на шести подкрыльевых узлах включая бомбы 250- или 500-кг, контейнеры КМГУ-2, зажигательные баки ЗБ-500 в различных вариантах подвески или 80 х НАР С-8 в блоках Б-8М1 или до 6 НАР С-24Б или 2 х пушечных контейнера УПК-23.